องค์การบริหารส่วนตำบลถ้ำพรรณรา เกิดโดยกระทรวงมหาดไทยได้ประกาศจัดตั้งองค์การบริหารส่วนตำบล ตามนัยมาตรา 40 และมาตรา 95 แห่งพระราชบัญญัติสภาตำบลและองค์การบริหารส่วนตำบล พ.ศ. 2537 ครั้งที่ 2 จำนวน 2,143 แห่ง โดยประกาศในราชกิจจานุเบกษาฉบับทั่วไป เล่ม 113 ตอน 9 ง. ลงวันที่ 30 มกราคม 2539 โดยให้มีการเลือกตั้งสมาชิกในวันที่ 28 เมษายน 2539 ตำบลถ้ำพรรณรา ความเป็นมา หมายถึง ภูเขาถ้ำทองพรรณรา เป็นหลักสำคัญในการเรียกชื่อตำบลถ้ำพรรณรา เนื่องจากในพื้นที่ตำบลมีภูเขาที่ชาวบ้านในพื้นที่ได้มีประเพณีท้องถิ่นคือ การขึ้นถ้ำ ซึ่งมีประจำในวันขึ้น 1 ค่ำ เดือน 11 ของทุกปี ทำให้ชาวบ้านเรียกชื่อกันมาก่อนว่าถ้ำทองพรรณรา ก่อนที่จะตั้งกิ่งอำเภอถ้ำพรรณรา ซึ่งแยกมาจากอำเภอฉวาง